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      400-8888-461

      (工作日9:00-18:00)
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      Biocyto SafeRed 10000x in water Biocyto SafeRed 10000x in water

      Biocyto SafeRed 10000x in water

      產品編號:SD-001
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      規格編號:
      選擇規格型號:
      購買數量:
      產品包裝:   SafeRed? 10000x Nucleic Acid Dye  500uL/支;   
                          GelGreen? 10000x Nucleic Acid Dye  500uL/支               
      儲存條件:  室溫避光可保存24個月。
      操作步驟:
      一.膠染法(推薦方法,用法類似EB)
      制膠時加入SafeRed 核酸染料(染料靈敏,每100mL 瓊脂糖溶液中加入10μL SafeRed 原裝液即可)。 按常規方法電泳。
      1. 實驗室材料和試劑:
      1. 實驗樣品:質粒DNA,DNA marker(國產的DNA marker濃度太高,至少稀釋2~3倍后使用)
      2. TBE緩沖液配置:10X TBE電泳緩沖液[Tris 107.8146g (890mM),硼酸55.0287g(890mM),EDTA 5.845g(20mM),加NaOH約4g調節pH=8.3;定容1000mL];用ddH2O稀釋10倍配制1X TBE電泳緩沖液。
      3. TAE緩沖液配置:50X TAE電泳緩沖液[Tris 242g (2M),EDTA 37.2g(100mM),加醋酸約57ml調節pH=8.5;定容1000mL];用ddH2O稀釋50倍配制1X TAE電泳緩沖液。
      4. 溴酚藍指示劑,1%的西班牙瓊脂糖凝膠
      5. 儀器:電泳儀(130v),移液器(0.5~10ul),凝膠成像儀
      2. 實驗步驟:
      1. 制膠:將0.5g瓊脂糖溶于50mL 1X TBE電泳緩沖液中,加熱至瓊脂糖完全融化。將融好的瓊脂糖溶液室溫放置50℃左右加入5ul的SafeRed凝膠電泳染料,搖勻。
      2. 倒膠:將制好的瓊脂糖凝膠緩慢倒于制膠托盤內,避免產生氣泡。將點樣梳子垂直置于電泳膠膜的一端,距離托盤底部約1mm。放置時盡量保持平穩,切勿晃動。
      3. 置膠:待約30分鐘左右膠體充分凝固后,緩慢垂直向上拔起點樣梳子,切勿用力過猛。(夏季適當延長凝膠時間)
      4. 將瓊脂糖凝膠放入電泳槽內,加入電泳緩沖液,使電泳緩沖液液面高于凝膠面約1~2mm。
      5. 將混合溴酚藍指示劑的DNA樣本(1ul溴酚藍與2ul DNA標本混合)加入到點樣孔內。
      6. 蓋上電泳槽蓋,開啟電源,使DNA從負極移向正極恒壓電泳(電壓恒定在120~130v之間,一般可選擇130V)。
      7. 當DNA條帶距離點樣孔約1~2cm后關閉電源,(約30~40分鐘)取出凝膠。
      8. 用 302nm 激發的 UV 凝膠成像系統觀察結果。
      *注:此方法染色染料用量相對較少。染料加入膠中可直接使用微波爐加熱,制好的膠溶液可以在室溫下保存直至用完。
      優化電泳條件參考事項:
      • 因為EB是插入DNA內部變成一個整體分子,所以不容易出現遷移/彌散的問題,而大分子的SafeRed與DNA是通過靜電吸引非共價結合的,在DNA外面就容易出現條帶遷移,特別是大片段DNA!
      • 1. 鑒于SafeRed的高靈敏性,建議減少DNA的上樣量,推薦已知濃度樣品的上樣量為50~200ng/泳道(8泳道小膠孔)。對于未知濃度的樣品,嘗試1/3或1/5的常用上樣量。國產的DNA marker濃度太高,至少稀釋一倍后使用!
      • 2. 更換電泳緩沖液,新配置的電泳液效果好!推薦用1×TBE緩沖液代替TAE,因為含硼酸鹽的試劑導電性能更好。
      • 3. 電泳時電壓不宜過高,一般不要超過130V。
      • 4. 染料無需低溫冷藏,室溫下儲存即可,以避免沉淀,若發現沉淀,請將染料加熱至45~50℃,2min,攪拌溶解,不影響使用效果。
      • 要得到漂亮膠圖與多種因素有關,需要在EB的基礎上優化電泳條件,請嘗試:marker濃度和樣品濃度稀釋一倍;降低瓊脂糖濃度;選用更長的凝膠;降低電壓延長凝膠時間以保證邊緣清晰;改進上樣技巧或選擇泡染法染色。SafeRed染料由于染料分子偏大,會對marker的大片段遷移有一定影響,偶爾會造成拖帶,微笑條帶等情況。減少DNA上樣量。污染和微笑條帶往往是過量的DNA樣本造成的。推薦的泳道和已知濃度的樣品的上樣量為50-200ng/泳道。對于未知濃度的樣品,嘗試1/2或1/3的常用上樣量; 配制百分比濃度小的瓊脂糖凝膠。高分子量的DNA在低百分比的瓊脂糖凝膠分離效果比較好。
      • 染料過于靈敏,建議marker濃度稀釋一倍,特別是含大片段多的marker!目前國產的marker是基于EB染料開發的酶切的混合片段,濃度對于SafeRed是偏高的;另外,EB顯示不出來酶切的混合片段的雜帶,SafeRed的高靈敏性會顯示出來。少數情況下質粒經某些酶切后的DNA樣品會出現拖尾和分辨率降低,請使用后染法。
      • 染料過于靈敏,建議未知濃度的樣品的稀釋一倍后上樣,特別是含大片段多的樣品。
      • 與EB相比,SafeRed電泳電壓要低一些,跑膠的時間長一些。
      • SafeRed染料和樣品混合后,點樣到瓊脂糖凝膠中,不推薦這種點樣法。
      • 由于SafeRed具有良好的熱穩定性,可以在熱的瓊脂糖溶液中直接添加,而不需要等待溶液冷卻。搖晃,振蕩或者翻轉以保證染料充分混勻。也可以選擇將SafeRed儲液加到瓊脂糖粉末和電泳緩沖液中,然后用微波爐或其他常用方式加熱以制備瓊脂糖凝膠。SafeRed兼容所有常用的電泳緩沖溶液。
      • 如果總是看到條帶彌散或分離不理想,為了避免染料可能對DNA遷移的干擾,建議使用電泳后染膠。使用泡染法染色以確認問題是否與染料有關。如果染色后問題依舊存在,則說明問題與染料無關!
      *此方法不適合預制聚丙烯酰胺凝膠,對于聚丙烯酰胺凝膠請使用泡染法。
       
      二.泡染法
      (1)按照常規方法進行電泳。 用于膠回收等高濃度DNA樣品強烈推薦泡染法!
      (2)用H2O將SafeRed? 10,000× 儲液稀釋約3,300倍到0.1M NaCl溶液中,制成3× 染色液。(例如將15μL SafeRed? 10,000× 儲液加入到50mL 0.1M NaCl溶液中)。
      (3)將凝膠小心地放入合適的容器中,如聚丙烯容器中。緩慢加入足量的3× 染色液浸沒凝膠。室溫振蕩染色30min左右,最佳染色時間根據凝膠厚度以及瓊脂糖濃度不同而略有不同。對于含3.5~10%丙烯酰胺的凝膠,染色時間通常介于30min到1h,并隨丙烯酰胺含量增加而延長。
      (4)用 302nm 激發的 UV 凝膠成像系統觀察結果。
      *注意事項:用泡染法染色時,染料用量較多。單次使用的染色液可重復使用3次左右;3× SafeRed?染色液可以大量制備,在室溫下避光保存直至用完。
      三.核酸電泳的PAGE步驟:
      1)將TBE制備的凝膠放入電泳槽中,用夾子夾住邊緣。
      2)用配置凝膠溶液同一批次的5×TBE灌滿緩沖液槽。用注射器排除凝膠底部的氣泡。
      3)用注射器吸取1×TBE沖洗加樣孔。將DNA樣品和適量的6×凝膠上樣緩沖液混合,用微量移液管加入加樣孔。
      4)將電極與電源相連(正極接下槽),打開電源一般90V;1~8V/cm。進行電泳9h。
      5)電泳至標準參照染料遷移至所需位置(一般是電泳到二甲苯完全遷出,溴酚藍距底邊2~3cm停止)。關閉電源,拔掉插頭,棄去電泳槽中的電泳液。
      6)將凝膠取下來放入,染色皿中,加3X SafeRed的1X緩沖液中的振蕩染色30-60分,放置在紫外檢測即可。
      *注意事項:與瓊酯糖凝膠不同,不能用預染或點染的方法;只能用泡染的方法顯色,由于聚丙烯酰胺比較致密,染料不容易深入,顯色效果沒有瓊酯糖凝膠好。
      特別提醒:如果用的是紫外成像儀,請選擇SafeRed;如果使用激光成像儀或在可見光下觀測,請選擇GelGreen。
       
      1. 帶形清晰整齊:第三代SafeRed?和GelGreen?完全克服了原裝國外相同染料分不開大片段DNA的缺點,所有電泳條帶清晰整齊美觀。
      2. 安全無毒:獨特油性大分子使其不能穿透細胞膜進入細胞, Ames-test實驗表明,該染料的沒有EB類似的誘變性。
      3. 遷移率好:EB小分子很快跑出膠外,所以EB容易導致小DNA片段看不清,我們的大分子SafeRed完全克服這一點。
      4. 定量準確:適用于核酸分子大小的確定和定量,EB對小DNA片段定量不準確。
      5. 染色均勻:電泳時染色均勻,靠近負極凝膠和靠近正極端的亮度一樣。EB會導致膠的整體背景稍微高些,經常出現陰   陽背景(膠的背景一部分亮一部分暗);EB長時間、長距離的電泳,EB信號強度會相應下降。我們的大分子SafeRed完全克服這一點。
      6. 靈敏度高:適用于各種大小片段的電泳染色,對核酸遷移的影響小于SYBR Green I。
      7. 穩定性高:耐熱,可加在緩沖液里,100℃溶解凝膠,防止染色劑沒充分混勻。適用于使用微波或其它加熱方法制備瓊脂糖凝膠;室溫下在酸或堿緩沖液中極其穩定。
      8. 耐光性強:實驗室的日常光線照射環境下可以常溫放置24個月。
      9. 信噪比好:樣品熒光信號強,背景信號低,熒光亮度是EB的十倍以上,肉眼可觀測到亮度明顯比EB強,EB會導致膠的整體背景稍微高些,經常出現陰陽背景。
      10. 操作簡單:與EB用法完全一樣,在預制膠和電泳過程中染料不降解;而電泳后染色過程也只需30 分鐘且無需脫色或沖洗 ,即可直接用紫外凝膠透射儀觀察。
      11. 適用范圍廣:可選擇電泳前染色(膠染法)或電泳后染色(泡染法);適用于瓊脂糖凝膠或聚丙烯酰胺凝膠電泳;可用于 dsDNA、ssDNA 或 RNA 染色。
      12. 完美兼容:與EB有相同的光譜特性,無需改變濾光片及觀察裝置:標準的 EB 濾光片或 SYBR 濾光片都適用,使用與觀察EB相同的普通紫外凝膠透射儀觀察即可,在 300nm 紫外光附近可得到最佳激發。
      SafeRed?和GelGreen?常見問題
       
      關于marker跑電泳出現分辨率不高現象:
      國產的DNA marker濃度太高,至少稀釋一倍后使用!
      Invitrogen's 1kb Plus DNA Ladder 的marker與Gel Red匹配度最好。SafeRed比EB分子大(也是由于大分子特性,所以不會透過細胞膜進入人體產生傷害)。大分子的染料在預制膠中對DNA的遷移有一定影響。建議采用后染法,不會破壞膠中的DNA樣本,保證了DNA遷移的真實水平。不同于EB,你不用在對染后的膠進行脫色。
      SafeRed&GelGreen常見問題:
      Q:  污染或微笑的DNA條帶或錯誤的DNA遷移條帶?
      A:  客戶為方便用SafeRed預制凝膠。由于SafeRed?和GelGreen?是為安全而設計的分子量較大的高效親和型染料,在預制凝膠電泳中它們可以影響DNA的遷移。尤其是國產的一些限制性酶切的DNA樣本,可能會在SafeRed?預制凝膠中異常遷移。下列建議可提高預制凝膠中的條帶分離效果。
      1. 鑒于SafeRed的高靈敏性減少DNA上樣量。污染和微笑條帶往往是過量的DNA樣本造成的。推薦的泳道和已知濃度的樣品的上樣量為  50-200ng/泳道。對于未知濃度的樣品,嘗試1/2或1/3的常用上樣量
      2. 減少SafeRed在凝膠中的總量,SafeRed再稀釋一倍后使用比如用0.5X的濃度來代替1X的濃度。
      3. 制百分比濃度小的瓊脂糖凝膠。高分子量的DNA在低百分比的瓊脂糖凝膠分離效果比較好。
      4. 更換電泳緩沖液。 TBE緩沖液比TAE緩沖液的效果更好,因為含硼酸鹽的試劑導電性能更好。
      5. 為了避免染料可能對DNA遷移的干擾,建議使用電泳后染膠。如果跑膠程序需要的上樣量超過推薦量,建議使用電泳后染色法。
      Q: 熒光弱,時間久染料性能降低,或使用后染法染料仍然在瓊脂糖凝膠中。
      A :  染料可能從溶液中沉淀。加熱Red?至45 - 50℃,2min,攪拌溶解。染料在室溫下儲存,以避免沉淀。
      Q:  后染法需要去除染料的步驟嗎?
      A
      :  不需要,不過高背景的結果可以考慮適當脫色步驟
      Q: SafeRed和GelGreen可以用來染色單鏈DNA或RNA嗎?
      A:   SafeRed和GelGreen可用于單鏈DNA和RNA的染色,但SafeRed染單鏈核酸效果比GelGreen敏感5倍左右。
      Q: 用那些儀器檢測SafeRed和GelGreen?
      A:  SafeRed完美兼容標準(302或312nm)紫外透射成像儀。GelGreen的吸收峰在500nm。 GelGreen兼容254 nm的紫外透射或可見光激發的凝膠成像儀,如Dark Reader或488 nm凝膠激光掃描儀。
      Q: 什么樣的發射濾波片適合使用SafeRed和GelGreen?
      A:   SafeRed使用溴化乙錠濾片; GelGreen使用SYBR Green或黃色濾片。另外,長通道黃色濾片可用于SafeRed或GelGreen。請查閱SafeRed和GelGreen更多的特定的發射光譜。
      Q:  可以提前制作SafeRed/GelGreen凝膠,儲存供以后使用嗎?
      A:   可以,SafeRed和GelGreen染料是穩定的。在保證瓊脂糖凝膠的完整性不會被破壞的前提下,你可以將預制的SafeRed/GelGreen凝膠儲存供以后使用。 我們建議在4℃避光貯存凝膠。
      Q: SafeRed/GelGreen在熔化的瓊脂糖中穩定么?可以將SafeRed/ GelGreen儲存在熔化的瓊脂糖膠中,到用的時候在制備凝膠嗎?
      A:  可以,SafeRed比GelGreen更加穩定。但我們不建議將SafeRed放在熔化的瓊脂糖中存放幾天。
      Q:   SafeRed/GelGreen的預制凝膠可以重復使用嗎?
      A:   不可以,連續電泳會減少染色強度。
      Q:   可以重新融化SafeRed/GelGreen凝膠,再制備嗎?
      A:   是的,但最好再添加一些染料,保證重新制備凝膠的信號強度。
      Q: SafeRed和GelGreen用后應該如何處置?
      A:   SafeRed和GelGreen通過TUV認證測試按照美國標準California Department of Fish & Game, 1988 Acute Procedures; EPA/600/4-85/013, 1985 Acute Manual,
      在中國農科院通過斑馬魚測試,
      可以直接傾倒入下水道。但是由于不同國家和地區規定的差異,請聯系您當地的安全監管部門,獲取相關條例。

      Q:  SafeRed及GelGreen與如克隆,連接和測序的下游擴增子兼容嗎?
      A:  可以。我們建議使用Qiagen公司或Zymoclean凝膠提取試劑盒,EXO-SAP方案,或酚氯仿抽提法去除DNA中的染料成分。由于SafeRed/GelGreen與DNA結合比EB更為緊密,所以需要去除樣品DNA中的SafeRed/GelGreen染料,保證DNA的后續操作。
      Q:  SafeRed/GelGreen安全性如何?
      A:  SafeRed?/GelGreen?經過埃姆斯AMS和相關測試,已經被證明是替代EB和SYBR染料更為安全的產品。不過,請使用這些試劑時,也要遵循實驗室安全條例,以免污染DNA等樣品。
      Q:  SafeRed/GelGreen檢測下限是什么?
      A:  SafeRed/ GelGreen是超敏感的染料,檢測含量<0.1ng的DNA。
      Q:  SafeRed/GelGreen的結合機制是什么?
      A:  SafeRed/GelGreen通過靜電及電荷相互作用與DNA結合。
      Q:  SafeRed/GelGreen遷移的方向?
      A:  SafeRed和GelGreen相比于EB來說,不容易通過凝膠遷移。不需要在電泳緩沖液中添加額外的染料,凝膠也會比EB染色更均勻。
      Q:  SafeRed/GelGreen需要在黑暗中使用嗎?
      A:  SafeRed和GelGreen是穩定的染料。在室內光線下使用,染料避光儲存。
      Q:  SafeRed/GelGreen的使用量?
      A:   10,000×儲備液用于1X甚至0.5X預制凝膠使用量1:10000~1:20000 (例如: 5uL 用于50ml~100mL凝膠),或1:3333比例用于電泳后染色(15uL 用于50 mL溶液)。
      Q:  SafeRed/GelGreen電泳后染色可重復使用嗎?
      A:  可以。如果敏感度降低,則建議更換新鮮的染料溶液。
      Q:  SafeRed可以被用于凝膠遷移電泳分析和脈沖凝膠電泳嗎?
      A:可用于EMSA和PFGE凝膠的電泳后染色。
      Q:  SafeRed/GelGreen可以被用于Southern或Northern雜交嗎?會干擾轉膜或雜交過程嗎?
      A:   建議使用后染法。
      Q:  SafeRed可以被用于基于甲醛的RNA凝膠中?
      A:  可以。
      Q:  SafeRed能用于聚丙烯酰胺,DGGE技術,EMSA實驗或PFGE (脈沖場)凝膠嗎?
      A:  請使后染法。
      Q:  SafeRed可以被用于彗星試驗(單細胞凝膠電泳測定技術,一種敏感單鏈或雙鏈DNA突變和破損的遺傳測定方法)?
      A:  是。
      Q:  SafeRed是否用于堿性凝膠電泳緩沖液(30MM的NaOH,1mM的EDTA)?
      A:  是。
      Q:  SafeRed可用于氯化銫梯度純化DNA染色嗎?
      A:  可以。正丁醇萃取前加SDS至終濃度0.1%去除純化的DNA中的SafeRed。
      Q:  建議用什么方案去除電泳后膠中的GelGreen/SafeRed染料?
      A:  使用Zymo Research公司的ZymoClean 凝膠 DNA回收試劑盒,USB/Affymetrix 公司的ExoSap-It 試劑盒、Sigma的GenElute瓊脂糖柱。Life Technologies 公司的PureLink快速凝膠回收試劑盒,GE Healthcare公司的Illustra GFX PCR DNA 和 凝膠條帶純化試劑盒、Roche的高純度PCR產物純化試劑盒。
      Q:  SafeRed和GelGreen兩種溶劑,在DMSO和水中的染料是否存在差異?
      A:  兩種溶劑方案的效果相似。

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