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      (工作日9:00-18:00)

      核酸電泳問題解答 2020-06-04

      SafeRed&GelGreen常見問題:
      Q:  污染或微笑的DNA條帶或錯誤的DNA遷移條帶?
      A:  客戶為方便用SafeRed預制凝膠。由于SafeRed?和GelGreen?是為安全而設計的分子量較大的高效親和型染料,在預制凝膠電泳中它們可以影響DNA的遷移。尤其是國產的一些限制性酶切的DNA樣本,可能會在SafeRed?預制凝膠中異常遷移。下列建議可提高預制凝膠中的條帶分離效果。
      1. 鑒于SafeRed的高靈敏性減少DNA上樣量。污染和微笑條帶往往是過量的DNA樣本造成的。推薦的泳道和已知濃度的樣品的上樣量為  50-200ng/泳道。對于未知濃度的樣品,嘗試1/2或1/3的常用上樣量
      2. 減少SafeRed在凝膠中的總量,SafeRed再稀釋一倍后使用比如用0.5X的濃度來代替1X的濃度。
      3. 制百分比濃度小的瓊脂糖凝膠。高分子量的DNA在低百分比的瓊脂糖凝膠分離效果比較好。
      4. 更換電泳緩沖液。 TBE緩沖液比TAE緩沖液的效果更好,因為含硼酸鹽的試劑導電性能更好。
      5. 為了避免染料可能對DNA遷移的干擾,建議使用電泳后染膠。如果跑膠程序需要的上樣量超過推薦量,建議使用電泳后染色法。
      Q: 熒光弱,時間久染料性能降低,或使用后染法染料仍然在瓊脂糖凝膠中。
      A :  染料可能從溶液中沉淀。加熱Red?至45 - 50℃,2min,攪拌溶解。染料在室溫下儲存,以避免沉淀。
      Q:  后染法需要去除染料的步驟嗎?
      A
      :  不需要,不過高背景的結果可以考慮適當脫色步驟
      Q: SafeRed和GelGreen可以用來染色單鏈DNA或RNA嗎?
      A:   SafeRed和GelGreen可用于單鏈DNA和RNA的染色,但SafeRed染單鏈核酸效果比GelGreen敏感5倍左右。
      Q: 用那些儀器檢測SafeRed和GelGreen?
      A:  SafeRed完美兼容標準(302或312nm)紫外透射成像儀。GelGreen的吸收峰在500nm。 GelGreen兼容254 nm的紫外透射或可見光激發的凝膠成像儀,如Dark Reader或488 nm凝膠激光掃描儀。
      Q: 什么樣的發射濾波片適合使用SafeRed和GelGreen?
      A:   SafeRed使用溴化乙錠濾片; GelGreen使用SYBR Green或黃色濾片。另外,長通道黃色濾片可用于SafeRed或GelGreen。請查閱SafeRed和GelGreen更多的特定的發射光譜。
      Q:  可以提前制作SafeRed/GelGreen凝膠,儲存供以后使用嗎?
      A:   可以,SafeRed和GelGreen染料是穩定的。在保證瓊脂糖凝膠的完整性不會被破壞的前提下,你可以將預制的SafeRed/GelGreen凝膠儲存供以后使用。 我們建議在4℃避光貯存凝膠。
      Q: SafeRed/GelGreen在熔化的瓊脂糖中穩定么?可以將SafeRed/ GelGreen儲存在熔化的瓊脂糖膠中,到用的時候在制備凝膠嗎?
      A:  可以,SafeRed比GelGreen更加穩定。但我們不建議將SafeRed放在熔化的瓊脂糖中存放幾天。
      Q:   SafeRed/GelGreen的預制凝膠可以重復使用嗎?
      A:   不可以,連續電泳會減少染色強度。
      Q:   可以重新融化SafeRed/GelGreen凝膠,再制備嗎?
      A:   是的,但最好再添加一些染料,保證重新制備凝膠的信號強度。
      Q: SafeRed和GelGreen用后應該如何處置?
      A:   SafeRed和GelGreen通過TUV認證測試按照美國標準California Department of Fish & Game, 1988 Acute Procedures; EPA/600/4-85/013, 1985 Acute Manual,
      在中國農科院通過斑馬魚測試,
      可以直接傾倒入下水道。但是由于不同國家和地區規定的差異,請聯系您當地的安全監管部門,獲取相關條例。

      Q:  SafeRed及GelGreen與如克隆,連接和測序的下游擴增子兼容嗎?
      A:  可以。我們建議使用Qiagen公司或Zymoclean凝膠提取試劑盒,EXO-SAP方案,或酚氯仿抽提法去除DNA中的染料成分。由于SafeRed/GelGreen與DNA結合比EB更為緊密,所以需要去除樣品DNA中的SafeRed/GelGreen染料,保證DNA的后續操作。
      Q:  SafeRed/GelGreen安全性如何?
      A:  SafeRed?/GelGreen?經過埃姆斯AMS和相關測試,已經被證明是替代EB和SYBR染料更為安全的產品。不過,請使用這些試劑時,也要遵循實驗室安全條例,以免污染DNA等樣品。
      Q:  SafeRed/GelGreen檢測下限是什么?
      A:  SafeRed/ GelGreen是超敏感的染料,檢測含量<0.1ng的DNA。
      Q:  SafeRed/GelGreen的結合機制是什么?
      A:  SafeRed/GelGreen通過靜電及電荷相互作用與DNA結合。
      Q:  SafeRed/GelGreen遷移的方向?
      A:  SafeRed和GelGreen相比于EB來說,不容易通過凝膠遷移。不需要在電泳緩沖液中添加額外的染料,凝膠也會比EB染色更均勻。
      Q:  SafeRed/GelGreen需要在黑暗中使用嗎?
      A:  SafeRed和GelGreen是穩定的染料。在室內光線下使用,染料避光儲存。
      Q:  SafeRed/GelGreen的使用量?
      A:   10,000×儲備液用于1X甚至0.5X預制凝膠使用量1:10000~1:20000 (例如: 5uL 用于50ml~100mL凝膠),或1:3333比例用于電泳后染色(15uL 用于50 mL溶液)。
      Q:  SafeRed/GelGreen電泳后染色可重復使用嗎?
      A:  可以。如果敏感度降低,則建議更換新鮮的染料溶液。
      Q:  SafeRed可以被用于凝膠遷移電泳分析和脈沖凝膠電泳嗎?
      A:可用于EMSA和PFGE凝膠的電泳后染色。
      Q:  SafeRed/GelGreen可以被用于Southern或Northern雜交嗎?會干擾轉膜或雜交過程嗎?
      A:   建議使用后染法。
      Q:  SafeRed可以被用于基于甲醛的RNA凝膠中?
      A:  可以。
      Q:  SafeRed能用于聚丙烯酰胺,DGGE技術,EMSA實驗或PFGE (脈沖場)凝膠嗎?
      A:  請使后染法。
      Q:  SafeRed可以被用于彗星試驗(單細胞凝膠電泳測定技術,一種敏感單鏈或雙鏈DNA突變和破損的遺傳測定方法)?
      A:  是。
      Q:  SafeRed是否用于堿性凝膠電泳緩沖液(30MM的NaOH,1mM的EDTA)?
      A:  是。
      Q:  SafeRed可用于氯化銫梯度純化DNA染色嗎?
      A:  可以。正丁醇萃取前加SDS至終濃度0.1%去除純化的DNA中的SafeRed。
      Q:  建議用什么方案去除電泳后膠中的GelGreen/SafeRed染料?
      A:  使用Zymo Research公司的ZymoClean 凝膠 DNA回收試劑盒,USB/Affymetrix 公司的ExoSap-It 試劑盒、Sigma的GenElute瓊脂糖柱。Life Technologies 公司的PureLink快速凝膠回收試劑盒,GE Healthcare公司的Illustra GFX PCR DNA 和 凝膠條帶純化試劑盒、Roche的高純度PCR產物純化試劑盒。
      Q:  SafeRed和GelGreen兩種溶劑,在DMSO和水中的染料是否存在差異?

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